由于植物具有较强的地域性，因此生态浮岛在植物的选择上尤其应注重选用乡土水生植物，或是水陆两栖植物。在北方地区，可以选择芦苇、千屈菜等。在南方地区，可以种植菖蒲、水芹菜、旱伞草等。同时尽量使用多年生草本植物，以降低后期维护成本。

对外来植物品种应进行适当的控制，水葫芦植物在净化水质及其植物景观方面效果都较为明显。但是由于其极易蔓延，且不易控制，因此应对此种植物进行合理控制，并及时处理。氮磷去除能力较强的13种挺水植物：美人蕉、泽苔、香蒲、旱伞草、姜花、红莲子草、细叶莎草、欧慈姑、野芋、紫芋、千屈菜、泽泻、菖蒲。

铵氮去除能力较强的是槐叶萍，浮萍。高浓度N03-污染的水体中，欧慈姑、香蒲、红莲子草、旱伞草适宜作为生态浮岛的植物。低浓度N03-养分条件的水体中，千屈菜、泽泻适宜作为生态浮岛的植物；野芋、细叶莎草、葛蒲、紫芋则能应用于较广范围的N03-浓度条件水体中的生态浮岛中。